1990年起，南通县贯彻执行《江苏省计划生育条例》及其《实施细则》。扎实推进计划生育工作，注重村级基础建设，普遍建立村人口学校和计划生育服务室，全面开展创建计划生育合格村、示范村活动。1999年，全市掀起“婚育新风进万家”活动，在全国率先创办农民电大，普及计划生育、生殖健康、家庭保健知识。拍摄的专题片《江海风韵》获第十三届中国人口文化奖。2001年和2005年，连续两届获“全国婚育新风进万家活动先进县（市）”称号。2001年，通州市在全省第一个成立优生技术开发服务中心，为育龄群众提供遗传优生咨询、优生指导、优生筛查、优生随访等服务。“十五”期间,全市育龄妇女生殖道感染综合防治累计筛查人数28.69万人，占已婚育龄妇女总数98.2%。全市70%以上新婚夫妇参加染色体核型分析和TORCH检测，符合法定条件申请再生育一个孩子夫妇检测率达98%以上,在省内名列前茅。全市育龄妇女避孕节育知情选择率97.31%，避孕节育随访服务率94.3%。2002年建成人口计生系统城域网，先后开发运行全市育龄妇女信息卡打印系统、流动人口计划生育服务应用系统和育龄妇女需求调查应用系统软件。2003年起，通州市为农村部分独生子女意外死亡家庭办理养老保险。2005年设立人口公益基金，对农村部分计划生育家庭实行奖励扶助，对符合条件的农村居民，按每人每月50元标准发放奖励扶助金，直到亡故为止。同年，通州市参与日本在中国的国际合作计划生育结合项目（IP）试点，得到国家人口和计划生育委员会领导和日本专家肯定。市人口计生委被评为全国人口和计划生育信息化建设先进单位、江苏省文明行业。2007年起，宣传贯彻《中共中央、国务院关于全面加强人口和计划生育工作统筹解决人口问题的决定》，把人口和计划生育工作融入和服务于社会主义新农村建设。2008年，通州市被省政府命名为“人口和计划生育工作示范县（市）”。