1992年末，全县户籍人口总数为145.66万人，总户数50.07万户。此后一直到2000年，全市户籍人口总数基本维持在145万人左右。2001年行政区划调整，观音山镇、南通农场等3镇4场划归南通市区，人口减少13万余人，到2001年末，户籍人口总数130.19万人，总户数47.38万户。此后几年，每年人口出生率低于死亡率，迁往市外人口规模大于迁入市内人口规模，人口总数逐年减少，到2008年末，户籍人口总数为124.27万人，总户数48.48万户。

1993年，全市人口密度每平方公里890人。2001年行政区划调整之前每平方公里881人，行政区划调整之后每平方公里964人。此后，人口总数连续多年出现负增长，2008年末，全市人口密度降为每平方公里920人。各建制镇中，金沙镇人口密度最高，每平方公里1921人，骑岸镇人口密度最低，每平方公里612人。人口密度高于全市平均数的有金沙镇、平潮镇、东社镇、先锋镇、川姜镇、张芝山镇、二甲镇、兴仁镇、兴东镇和五接镇，人口密度低于全市平均数的有骑岸镇、石港镇、三余镇、刘桥镇、十总镇、五甲镇、四安镇、西亭镇和平东镇。