1990年，南通县总人口达到峰值156.51万人。1991年1月，新开镇和陈桥、幸福、秦灶3个乡及小海镇西部6个村、县良种场近江大队划归南通市区后，人口减少11万余人。此后10年，总人口一直保持在145万人左右。1998—2008年，除2000年外，每年出生人口不足万人，人口自然增长率11年为负增长。2001年4月，观音山、小海、竹行3镇及南通农场（省属）、东方红农场（省属）、市良种场和种畜场划归南通市区，通州市总人口减少13万余人。2008年末，全市总人口124.27万人，分属37个民族，汉族占99.79%。总人口中育龄妇女34.99万人，已婚育龄妇女26.66万人，当年出生7022人，计划生育率98.89%，人口出生率、死亡率、自然增长率分别为5.65‰、8.65‰和-2.99‰。出生人口男女性别比为105.23（女性为100，下同）。全市育龄妇女总和生育率为0.8，优于全省平均水平。