据通州市国土资源局2004年土地利用现状调查，境内水面积（不含黄海水域和长江水域）为27991.47公顷，占全市土地总面积18.35%，其中坑塘5718.31公顷，养殖水面1636.27公顷，农田水利用水面（沟渠）6653.58公顷，河流水面13515.45公顷，苇地380.15公顷，滩涂87.71公顷。

境内地表水来源于当地可利用地表径流和通过沿江涵闸引进的长江水。据分析计算，通州市可利用地表径流量，在保证率P＝95%的年份（特殊旱年）为5763.5万立方米，P＝75%的年份（中等旱年）为1.92亿立方米，P＝50%年份（平水年）为3.85亿立方米。因为具有滨临长江的地理优势，可通过南通闸、九圩港闸、营船港闸、新江海河闸等沿江涵闸从长江引水来弥补当地水资源的不足，其设计最大引江能力3276立方米/秒；年引江水量P＝95%年份为1.43亿立方米，P＝75%年份1.41亿立方米，P＝50%年份为1.03亿立方米。

境内地下水主要为第四系松散岩类孔隙水，由孔隙潜水和承压水构成，区内孔隙潜水水质差，第Ⅰ、第Ⅱ承压水水质复杂，均不适宜用作居民饮用水水源，第Ⅲ承压水矿化度低，水质优，适宜居民饮用。市内可开采地下水资源6402.91万立方米/年，其中：浅层孔隙水5509.31万立方米，第Ⅲ承压水893.6万立方米。

为有效保护地下水资源，防止过量开采引起的负面效应，江苏省地质勘察院南通分院在《通州市地下水资源评价报告》中，将通州市域的大部分地区列为超采区或控制区，核定主采层地下水开采量在6.55万立方米/日以内，将地下水位控制在-35米内。

通州市引进长江水总量，常年占可利用水资源总量的70%以上，不论是平水年还是中等干旱年或特殊干旱年，在充分进行引江补源的情况下，各年型均有余水量，除能满足生活、生产需要外，还能解决蓄水、航运和维护生态环境需要。如不考虑引江补源时，各年型均缺水，愈是干旱年缺水量愈大，特殊干旱年（P＝95%）缺水达6.36亿立方米，占全市用水总量的92.61%。因此，科学合理地保护和利用水资源，改善水环境，建设节水型社会，是一项必须长期坚持的方针。