通州市为长江流域平原河网地区，境内河网自上而下由一、二、三、四级河与丰产沟构成，通江达海逐级派生，分级控制，形成具有引水、排涝、降渍、蓄水、航运等多种功能的内河水系。根据地形高低变化，全市的河网运用涵闸控制，分成九吕水系、通启水系、三余水系和圩田水系。

九吕水系  西起平潮沿江圩田，东至三余垦区，南接通启水系，北至如东县界，流域总面积1107.2平方公里，是市内第一大水系。境内九吕水系流域面积为1005.1平方公里，一般地面高程在4.4～3.8米之间，引江排涝以九圩港、通吕运河担纲，辅以通扬运河和遥望港，河网正常水位2.4米，警戒水位2.8米。

通启水系  北傍九吕水系，南至南通市郊，东与海门市相连，流域总面积181.9平方公里。原为市内第二大水系，自新开、小海、观音山、竹行等镇划归南通市区后，境内通启水系流域面积减少为101.6平方公里，下降为第三大水系。系内一般地面高程3.9～3.2米，引江排涝以通启河与新江海河为纲，河网正常水位2米，警戒水位2.5米。

三余水系  是沿海垦区的独立水系，西沿和南沿均由九吕水系控制连通，东至黄海边，北至遥望港与如东县交界，流域总面积172.2平方公里，为市内第二大水系。系内一般地面高程3.6～3.2米，自西向东微有倾斜，南沿稍高，东沿近海地带偏低，地面高程2.6米左右。为防低洼地带受涝，局部实行分级控制。平时直接排涝排咸出海，必要时辅以遥望港闸抢排。灌溉、排咸、航运等需水，全靠九吕水系输送江水。河网正常水位2.0米，警戒水位2.3米。

圩田水系  是沿江圩田的独立水系。因通州市环抱南通市区，该水系分成通西、通海两支，流域面积（不包括划归南通市区的新开、竹行两镇和南通农场、东方红农场）71.9平方公里，其中通西51.99平方公里，通海19.91平方公里。系内地面高程一般在2.4～2.7米，局部洼田高程在2.2米左右。引江排涝通西圩田以小李港和新捕河为骨干，河网正常水位1.4米；通海圩田以长洪河为骨干，河网正常水位1.3米，警戒水位1.5米。

一级河  为地市级的流域性河道，与二级河道一起构成市县骨干河网，并在其中发挥主要作用。南通市境内12条一级河道中，有九圩港、通吕运河、遥望港、通启河、新江海河和通扬运河等6条流经通州市内19个镇，河段总长147.97公里。

九圩港  西起平潮镇九圩港村南长江边，横贯通州北部，自西向东流经平潮、平东、刘桥、石港、骑岸5个镇，至如东县马塘镇与如泰运河交汇，全长46.62公里，其中流经通州市境36.04公里，受益面积587平方公里。该河1959年挖成，通州段河床底宽24～25米，底高-2米，边坡1∶3～1∶4。正常水位2.4米，警戒水位2.8米。

通吕运河  西起南通港，横贯通州中部，东至启东市大洋港闸，总长78.85公里，在通州市境内流经兴仁、兴东、先锋、川姜、金沙、二甲、东社7个镇，共长29.46公里，受益面积563.06平方公里。该河开挖历经两个冬春，1964年1月竣工，通州段河床底宽45～90米，底高-3米，边坡1∶3。正常水位2.4米，警戒水位2.8米。

遥望港  西起石港镇石东村九圩港，东至黄海边，全长35.99公里，为通州市与如东县的界河。通州市有石港、骑岸、十总、三余4个镇的148.1平方公里受益。该河利用历史遗留的老港湾改造而成，通州段底宽10～32米，底高-1.5米，边坡1∶3。正常水位2.4米，警戒水位2.8米。

通启河  西起营船港长江边，东至启东市塘芦港闸，全长90.72公里，为20世纪50年代末开挖的沿江骨干河道。通州段横穿张芝山、川姜两镇，总长8.92公里，受益面积82.3平方公里。河床底宽30～50米，底高-2.5米，边坡1∶3～1∶4。2004—2005年，张芝山段3.84公里按标准疏浚。正常水位2米，警戒水位2.3米。

新江海河  南起海门市江心沙农场长江边，北至金沙镇与川姜镇交界处的通吕运河，全长26.91公里，其中通州段长24.61公里，沿线张芝山、川姜、金沙3个镇的43.4平方公里受益。该河1976年冬挖成，通州段河床底宽30～60米，底高-3米，边坡1∶3。正常水位1.8米，警戒水位2米。

通扬运河  自扬州至南通市区，是通州市沟通外地最重要的内河航道。该河从如皋市南部流入通州市境内，由北向南纵贯平潮、平东两镇，于平潮镇云台山村接九圩港入长江，通州市内流经总长12.95公里，受益面积62.8平方公里。该河凿成于清康熙四十三年（1704年），云台山至丁埝大桥段于1972年冬疏浚整治，底宽15米，底高-1.5米，边坡1∶2.5～1∶4。正常水位2米，警戒水位2.8米。

二级河  是市内骨干河网的主体，又是乡镇基本河网的水源和排涝容泄区。全市共有二级河26条（段），其中全部在市境内的河道18条。河道总长470.14公里，市境内长313.66公里。河道布局为“八横（东西向）十八竖（南北向）”，其间距一般在5公里左右，与九圩港、遥望港、通吕运河、通启河等一级河垂直相交。二级河道中，直接出江的有小李港、新捕河，直接出海的有新中闸河和团结河；与海门市交界的有排咸河。二级河的设计（竣工）标准：底宽一般6～8米，最小2米，最大30米（河段）；底高一般-0.5米，最深-2.0米；边坡一般1∶3.0，抗旱排涝能力达到省定标准。

三级河  又称大沟，一般从二级河派生，是乡镇引排和航运的骨干河道。市内共有三级河233条，总长862.29公里，布局间距一般在1～2公里，引排控制范围5～10平方公里。河床底宽2～4米，底高0～-0.5米，边坡1∶2～1∶3，其引排能力满足省定要求。

四级河  又称中沟，一般从三级河派生，也有直通二级河的，属村庄河塘重要组成部分。市内共有四级河1293条，总长2229.7公里，布局因地制宜，间距一般为0.5～1公里；总甲河片和三余片密度较大，间距在300米左右。新开挖和疏浚的四级河底宽1～3米，底高-0.5～0.3米，边坡1∶2～1∶2.5。

境内长江段距入海口不远，江面较开阔，一般宽度在5～10公里，最宽处超过11公里。因市域环抱南通市区，原有17.41公里的长江岸线被南通市区分隔为东西两段。2001年行政区划调整，东段岸线管理权（营船港闸港口段除外）划归南通市区后，境内所属的长江水域为原西段江域，西起五接镇开沙村附近的碾砣港，东至与南通市区交界的九圩港，江岸线长15.03公里，沿线有大汐港、大李港、新捕河河口和九圩港等4个口门，大、小李港为渔港，水域渔产资源较丰富。江域中面积较大的横港沙东端伸入南通市区水域。长江水域水量充沛，年径流量达9793亿立方米，相当于平均流量3.1万立方米/秒，年际变化较稳定，枯水期流量6130立方米/秒；水流方向基本与岸线平行，流速一般在1米/秒左右，最大时超过3米/秒。浪高一般在1米以内，东南风向浪高最大1.3米。受径流和潮汛双向流作用，潮汛为不规则半日周期潮，平均潮差为2.68米。水质受径流和潮流影响，基本良好，适宜鱼类生长、洄游，并可作为饮用水源和工农业用水。因泥沙沉积，水域中有暗沙多处。此外，在遭受热带风暴、特大天文潮、洪水等影响时，往往造成风潮灾害。

境内黄海水域北起与如东县相邻的界港——遥望港口，南至南通盐场南缘与海门交界的鲜鱼港（旧称歇御港），海岸线全长16.27公里，自北向南有遥望港、新中闸口、新开河港（团结河出海口）。新开河港于20世纪60年代列入江苏省10个港口之一。

黄海水域为黄海大陆架盆地的一部分，海底为泥沙质地，较为平坦，无坚实的基岩，其深度一般在-20～-30米。海岸由淤泥质粉砂堆积而成，属淤涨型岸滩。沿岸潮间带海滩宽5～10公里，坡度0.5‰～1.2‰，滩面平坦，分布一些浅平顺直的潮水沟。其中处在平均高潮位至小高潮位间有淤泥和粉砂混合滩3387公顷，处于低潮位的粉砂滩4140公顷。

遥望港口以东的黄海水域，低潮位时露出水面的沙洲有腰沙、台湾沙等，其中腰沙最大，西北东南走向，北端属如东县，南部属启东市。此外，还有杨家沙、小沙、新沙、新涨沙、横沙、狼梢、太高沙、三角沙、蛎砑堆，以及葫芦沙和乌龙沙的西北部（西部属海门市和启东市）。腰沙之北，还有冷家沙的东南部，也属通州市海域中的沙洲。

因受东海潮流影响，近海潮流主要流向由东南而西北，潮汐为不规则半日潮，大潮流速平均145厘米/秒，平均大潮高潮位5.23米，平均小潮高潮位1.17米，最大潮差达3米以上，最小潮差1米左右。当天文高潮和强热带风暴过境相遇，且风向又与海岸相交时，会在沿海形成风暴潮，出现特大水位，严重侵蚀海堤。由于长江和内河大量水排入近海，水体交混，海水盐分较低，盐度一般在30‰左右。