唐武德年间（618～626年）划壶豆洲为盐亭场。开元十年（722年）设置盐官，属扬州海陵县，隶淮南道。乾符二年（875年），设狼山镇遏使，归浙江西道节度使管辖。

五代十国时期（907—960年），吴和南唐曾设东洲静海都镇制置院。

后周显德五年（958年），周师克静海，初置静海军，同年改称通州，领静海、海门两县。静海县辖狼山、蔡港、西寨、石港、余庆五处要塞。

宋代，通州曾改称崇州（又名崇川），不久复称通州，领静海、海门两县。

元代，一度升为通州路，领县未变。

明洪武元年（1368年），废静海县，通州直管静海本土，领海门、崇明两县，属扬州府。洪武九年，划崇明县归苏州府，通州仅领海门一县。

清康熙十一年（1672年），因江潮侵蚀，海门改县为乡，并入通州，通州无领属县。雍正二年（1724年），划扬州的泰兴、泰州的如皋两县归通州管辖，升通州为直隶州（俗称南通州），隶江苏布政使司；乾隆二十六年（1761年）改隶江宁布政使司。

中华民国元年（1912年）5月，废州，改称南通县，属江苏省。民国3—16年，为苏常道管辖。民国22年起，归江苏省第七区（后改称南通区，又改称第四区）专员公署管辖。民国30年3月，改由苏中第四行政区专员公署管辖。民国34年12月，为苏皖边区第一行政区专员公署管辖；民国35年8月，改由苏皖边区第九行政区专员公署管辖。

1949年2月2日，南通县全境解放后，另设南通市，市、县分治。县治设于金沙镇，先后为苏皖边区第九行政区专员公署、苏北行政公署南通专署、江苏省南通专署管辖。1983年3月，南通专署撤销后，南通县属南通市管辖。

1993年1月6日，经国务院批准，撤销南通县，设立通州市（县级），由省直辖，以原南通县的行政区域为通州市的行政区域。