2月20日  S325线张芝山镇凉棚镇村8组地段发生特大交通事故，两辆客车相撞，5人死亡、2人重伤、9人轻伤。

2月26日—3月8日  《新华日报》《扬子晚报》、江苏电视台、江苏人民广播电台以及《南通日报》、南通电视台陆续派记者采访通州城镇建设情况，并以重要版面、栏目和较大篇幅予以报道。

2月28日  通州市在体育馆召开建筑业庆功表彰大会，中共福建省委副书记习近平、福建省军区政委陆凤彬、中国建筑业协会原副会长张树恩等领导应邀参加。3月1日举行大型焰火晚会，为获得“鲁班奖”、晋升一级资质的建筑企业和创优质工程的建筑队伍庆功。

4月18日  市电信局在南通六县（市）首家开通“一线通”可视电话。

4月29日  全市首届农村经纪人暨农副产品营销组织建设工作会议召开，28名优秀农民经纪人受到市委、市政府表彰。

6月18日  石港小学升格为江苏省实验小学。

6月19日  ’99阿尔卡特中国乒乓球俱乐部超级联赛江苏主场第四场比赛在通州举行。

6月21日  市公安局特警大队二中队队长助理、三级警司王建峰在执行“110”处警任务时不幸牺牲。29日，市委决定，在全市开展向人民的忠诚卫士王建峰学习活动。12月6日，王建峰被民政部追认为革命烈士、被公安部追授全国公安系统二级英模称号。

6月26日  通州市开始清理整顿农村合作基金会。该基金会成立于1993年5月。1999年末清理整顿工作基本完成。

7月22—24日  省委宣传部副部长、省文明办主任许洪祥率省文明城市重点检查团，对通州市创建工作进行检查。

7月29日  全市实行政务公开村务公开工作会议召开，会上宣布，全市882个行政村全部实行村务公开，4个乡镇试行政务公开。

8月1日  通州城区首次试鸣防空警报。

9月15日  市第四纺织机械厂发生重大火灾，烧毁厂房、库房3652平方米，各类机械33台和大部分产品，损失惨重。次日，市委、市政府紧急召集安全生产现场会，要求各乡镇及有关企业吸取教训，确保生产安全。

9月18日  通州市被省委、省政府命名为首批江苏省文明城市。

是日  通州市陆军预备役步兵营成立。

9月30日  通州市在苏中地区县（市）中首家基本实现村村通有线电视。全市49个乡镇876个村开通有线电视信号，发展有线电视用户9万余户。

10月8日  晚8时许，通州市在城区江海明珠广场南举行大型焰火晚会，欢迎参加’99通州市经贸与科技洽谈会的国内外宾朋。10日，洽谈会闭幕，共签订利用外资项目11个，投资总额4900万美元，合同利用外资2638万美元。

10月9日  通州美亚热电工程竣工。该工程由中美合资，1997年12月开工建设，2台1.5万伏机组分别于1999年7月和8月并网发电。年发电量1.5亿千瓦时，供热气量40万吨，总投资2.39亿元人民币。

10月28日  位于通吕公路、新通掘公路交会处的东大批发市场开业。首期工程占地3公顷，由南通市东大实业公司投资兴建。

11月1日  市建筑安装工程总公司施工队伍乘“雪龙号”科学考察船从上海启航驶往南极，执行中国南极中山站科考人员生活楼施工任务。

11月4日  22时至次日凌晨，小海、观音山、英雄等地民警和居民发现一发光不明飞行物在通州上空出现。

11月10日  通州市第一个秸秆气化集中供应站在兴东镇土山南村动工兴建。2000年3月18日点火，一次成功。该气站可供50户农家用气。

11月29—30日  市侨联第四次代表大会召开。陈锦治当选市侨联主席。

12月10日  《通州年鉴（1999）》在由中国年鉴研究会组织的第二届全国地方年鉴评奖中获一等奖。

12月27—28日  通州市引江供水工程（含如东县）初步设计方案通过审定。该工程主管道通州段长38公里，供应18个乡镇和通州港区的自来水，68万人受益。2001年12月28日，通如引江供水工程通州段管道工程竣工。